助成金の計上時期と税務会計の原則・例外を徹底解説！具体例と仕訳で実務対応がわかる | コラム | 神奈川県相模原市で助成金申請代行を安心と充実のサポートでご提供します

助成金と補助金の違いと共通点

助成金と補助金は、企業の成長支援や経営安定のための公的な資金ですが、制度や対象、計上時期の考え方に違いがあります。助成金は主に雇用や起業支援など広範な分野で活用され、申請要件を満たせば原則受給可能です。一方、補助金は事業計画の審査を経て採択された場合に支給されることが多く、競争性があります。

下記の表で主な違いと共通点を整理します。

ポイント

• いずれも計上時期は「交付決定日」または「経費発生年度」に左右される
• 助成金・補助金とも、国税庁や法人税法のルールに従った判断が重要です

助成金計上時期が重要な理由

助成金の計上時期は、企業の決算や税務申告、財務数値に大きな影響を与えます。具体的には、以下の点が挙げられます。

• 計上タイミングにより、当期の利益や所得、課税額が変動する
• 期をまたいで支給が確定する場合、未収入金や収益の繰延処理が必要
• 税務署の調査時には、適切な計上時期の根拠が求められる

企業が見落としがちなリスク

• 計上時期の誤りによる税務調査指摘や追徴リスク
• 補助金・助成金の収益認識遅れによる経営判断の遅延

正確な計上が求められる主な理由

1. 正しい利益計算と課税所得の把握
2. 会計基準や法人税法との整合性
3. 税理士や会計事務所への適切な情報提供

法令・通達における助成金計上時期の規定

助成金の計上時期は、法人税法や国税庁の通達で定められています。最新の実務指針は下記の通りです。

主な計上時期の判断ポイント

• 交付決定通知が届いた事業年度が原則計上年度
• 経費補填型助成金は費用発生と同じ年度で計上
• IT導入補助金や事業再構築補助金もこれに準じて処理

参考事例

• 雇用調整助成金やコロナ助成金も、原則は交付決定通知日、経費補填型は経費発生年度で計上
• 補助金の収益認識基準や圧縮記帳の処理も最新の国税庁指針に準拠

正確な計上時期の把握と、会計・税務上の対応は、各種助成金や補助金の適切な活用と企業経営の安定に直結します。企業ごとに状況が異なるため、詳細は専門家への相談もおすすめします。

原則：交付決定日の属する事業年度での計上

助成金の収益計上時期は、原則として「交付決定日」によって判断されます。交付決定日とは、補助金や助成金の申請に対して行政機関や自治体から正式に支給が決定された日を指します。具体的には、決定通知書や確定通知が発行された日が該当し、その通知を受け取った事業年度に収益として計上します。

交付決定日と実際の入金日が異なる場合も多いため、入金日ではなく交付決定日を基準とする点に注意が必要です。特に法人の場合、決算期をまたいで入金されるケースでも、交付決定年度に適切に記帳しなければなりません。

以下のポイントを押さえることで、計上年度の判断が明確になります。

• 交付決定日＝通知書等の発行日
• 入金日との混同に注意
• 決算期をまたぐ場合は未収入金計上も検討

この原則は国税庁のガイドラインや法人税基本通達に基づいており、法人が交付を受ける助成金等の収益計上時期の取扱いとして広く適用されています。

例外：経費補填型助成金の計上方法

一部の助成金は、支出した経費を補填する目的で交付されます。このような「経費補填型助成金」は、交付決定日ではなく、補填対象となる経費が発生した事業年度に収益計上する必要があります。

たとえば、雇用調整助成金や特定のコロナ助成金が該当し、実際に支払った給与や経費が確定した年度に収益として認識します。経費の発生時と助成金の交付決定時期がずれる場合は、会計処理に注意し、収益と費用の対応を適切に行うことが大切です。

具体例を挙げると、2023年度に発生した経費を2024年度に補填する助成金が交付された場合、2023年度に収益計上し、期末で未収計上する形が一般的です。

• 経費発生年度で収益計上
• 助成金の使途・種類の確認が必要
• 補助金の交付決定通知内容も要チェック

このような例外は、国税庁の指導や法人税基本通達2-1-42に基づき運用されています。

事業再構築補助金やIT導入補助金の特例

主要な補助金である事業再構築補助金やIT導入補助金にも、収益計上時期に特有のルールや注意点があります。これら補助金は原則として交付決定日を基準としますが、補助対象となる事業の進行状況や経費支出のタイミングによって、取り扱いが異なる場合があります。

特にIT導入補助金については、補助金の収入計上時期や圧縮記帳の要否、会計処理（資産計上・固定資産償却など）にも留意が必要です。交付決定日、実際の支払日、経費発生日を正確に記録しておきましょう。

以下のテーブルは、主要補助金別の計上時期のポイントをまとめたものです。

補助金ごとに計上基準が異なるため、必ず公的機関からの通知内容や最新のガイドラインを確認し、正確な会計処理を心がけてください。

雇用調整助成金の計上時期と仕訳例

雇用調整助成金の計上時期は、原則として「支給決定通知書が到着した日」が属する事業年度となります。国税庁の見解でも交付決定日を基準とすることが明確にされています。これは法人税基本通達2-1-42にも基づいた運用です。入金日ではない点に注意が必要です。

下記は雇用調整助成金の会計処理の流れと仕訳例です。

このように、まず交付決定通知時に収益計上し、入金時に未収入金を消す形になります。

持続化補助金の計上時期のポイント

持続化補助金は、原則として交付決定通知日で収益を計上しますが、経費補填型の場合は経費が発生した事業年度で計上します。特に小規模事業者持続化補助金などでは、補助対象経費の発生と申請、交付決定、実績報告、支給という流れが一般的です。

• 交付決定通知日が属する年度に原則計上
• 経費補填型の場合は経費発生時点で収益計上
• 収益の勘定科目は「雑収入」とする場合が多い

経費内容や交付決定通知の時期をよく確認して処理しましょう。

決算期をまたぐ場合の未収入金処理

助成金や補助金の交付決定が決算日前にあり、入金が翌事業年度となる場合、未収入金として計上する必要があります。これは、助成金の計上時期を正しく反映し、課税所得や財務諸表の正確性を保つために不可欠です。

• 決算日時点で未入金の場合は必ず「未収入金」として計上
• 入金時に「未収入金」を消し込む

この処理を怠ると、所得計算や税額算定で誤りが発生する恐れがあります。正確な記帳が重要です。

圧縮記帳適用時の会計処理と仕訳例

IT導入補助金や事業再構築補助金など、固定資産の取得に伴う補助金を受けた場合、圧縮記帳の適用が可能です。これは補助金の額だけ資産の帳簿価額を減額し、課税の繰延べを図る方法です。

• 固定資産取得時に通常通り資産計上
• 補助金収入を得た時点で「雑収入」計上
• 圧縮記帳の適用で「圧縮損」計上し、資産額を減額

圧縮記帳の適用にあたっては、別表記載や添付書類の準備も必要となるため、税理士や専門家への確認を推奨します。正しい会計処理を行うことで税務リスクを回避できます。

二重計上や計上漏れの代表例

助成金の計上時期では、二重計上や計上漏れが多発します。特に「交付決定日」と「入金日」を混同し、同じ助成金を複数年度で計上してしまうケースや、逆に計上自体を忘れてしまうミスが目立ちます。たとえば、IT導入補助金や雇用調整助成金でも、交付決定通知書と支給決定通知書の違いを見落とすことが原因で誤りが生じやすくなっています。

下記に、よくあるミスと指摘されやすいポイントをまとめます。

正しい計上時期を把握するためには、通知書や交付決定書などの証憑類を必ず確認し、年度ごとに整理することが重要です。

計上時期誤認による税務リスクとペナルティ

助成金の計上時期を誤ると、税務調査で指摘されるリスクが非常に高まります。特に国税庁のガイドラインで定める「交付決定時の計上」を守っていない場合、追徴課税や加算税の対象になることがあります。

実際の税務調査では、以下のようなリスクが顕在化します。

• 重加算税の対象：二重計上や計上漏れが悪質と判断されると、通常より重い加算税が課されることがあります。
• 証憑類の不備：交付決定通知や支給通知の保存義務違反は、申告是正を求められる大きな要因です。
• 減価償却資産への対応不足：IT導入補助金等で圧縮記帳や会計処理を誤ると、資産計上や損金算入にズレが生じ、指摘の温床になります。

助成金の計上年度を正確に把握し、証憑を整理・保存することが、税務リスク回避の基本です。

自社でできる計上時期チェックリスト

助成金の計上時期を正しく管理するためには、事前のセルフチェックが不可欠です。下記のリストを活用し、申請から会計処理までの流れを抜けなくチェックしましょう。

• 交付決定通知書・支給決定通知書を年度ごとにファイリング
• 交付決定日・入金日・経費発生日を一覧化
• 助成金の会計処理区分（収益計上・経費補填型）を確認
• IT導入補助金・事業再構築補助金などは圧縮記帳や減価償却の処理方法も同時に整理
• 国税庁や税理士事務所の最新情報を定期的に確認
• 必要に応じて専門家へ相談

これらを徹底することで、計上時期の誤りを未然に防ぎ、税務調査リスクも大幅に軽減できます。

圧縮記帳の適用条件と手続き

助成金や補助金を受けて固定資産を取得した場合、その資産の取得価額から受け取った金額を差し引く「圧縮記帳」が認められています。圧縮記帳を適用するには、次のような条件を満たす必要があります。

• 取得した資産が補助対象であること
• 助成金や補助金が明確に当該資産の取得を目的として交付されていること
• 交付の決定通知等、証拠書類を適切に保存していること

手続きとしては、資産取得時に受給金額を控除する方法と、特別償却準備金として積立てる方法があります。圧縮記帳の方法や記帳例は税務署や国税庁の指導に従い、必ず適切に処理することが重要です。

固定資産取得に伴う補助金の会計処理

固定資産取得に関連した助成金や補助金の会計処理では、受け取った金額をどの勘定科目で計上するかがポイントです。一般的に、会計基準では次のように区分されます。

• 特別利益：臨時的・一時的な収益と判断される場合に計上
• 営業外収益：本業以外の恒常的な収益として計上するケース

仕訳例としては、受領時に「現金」または「預金」を増加させ、同時に「特別利益」や「営業外収益」で受け取った金額を計上します。また、圧縮記帳を適用する場合は、資産の取得価額を減額する仕訳も追加されます。

このような会計処理により、課税所得の適正な計算と財務諸表の正確な作成を両立できます。

キャッシュフロー計算書への影響と開示のポイント

助成金や補助金の受領は、キャッシュフロー計算書にも影響を与えます。一般的に、営業活動によるキャッシュフローまたは投資活動によるキャッシュフローに区分されます。

• 固定資産取得に伴う補助金受領は、投資活動によるキャッシュフローに計上されることが多いです。
• 事業運営に直接関係する助成金の場合は、営業活動によるキャッシュフローに含まれることもあります。

開示の際は、補助金収入の金額や内容、計上時期を注記として記載し、財務諸表利用者が資金の流れを正確に把握できるようにすることが重要です。具体的な処理方法や注記例は、会計基準や企業会計基準委員会のガイドラインに準拠して対応してください。

助成金支援・企業支援の専門｜社会保険労務士オフィストラスト

社会保険労務士オフィストラストは、助成金手続きに特化したサポートを提供する社労士事務所。企業が活用できる各種助成金の申請支援から受給後のフォローまでをワンストップで実施。申請条件の確認や書類作成、役所とのやりとりも代行し、初めての企業でも安心。事業規模や業種に応じて最適な助成金を提案し、税制優遇や補助の併用も視野に入れた的確なアドバイスが特長。実績豊富な社労士が、従業員の雇用環境改善や事業拡大を助成金の活用で後押し。ミスが許されない助成金申請も安心で、申請後の支援体制やチェック体制も充実。企業経営と人事労務の視点から、助成金を最大限に活かす支援を信頼をもって提供。

社会保険労務士オフィストラスト
住所	〒252-0143神奈川県相模原市緑区橋本1-2-17 メゾンさがみ205
電話	042-703-1607

お問い合わせ

会社名・・・社会保険労務士オフィストラスト
所在地・・・〒252-0143 神奈川県相模原市緑区橋本1-2-17 メゾンさがみ205
電話番号・・・042-703-1607